陳垣廣東新會人，字援庵；1926年受英斂之託付接辦輔仁社。1929年起任輔大校長23年。抗戰初北平淪陷，日本壓迫益烈，陳垣主持輔仁校務，堅守行政獨立、學術自由、不懸偽旗三原則。1952年輔仁被併入北京師範大學，陳垣出任新的北師大校長直至去世。
陳垣早年多次參加科舉不中而逐漸放棄。1894年廣州發生嚴重鼠疫，學館解散，他開始自己讀書，對史學產生濃厚的興趣。辛亥革命後於1913年當選國會眾議員，從此定居北京。1921年出任北洋政府教育部次長，深覺政治腐敗而去職，專心從事歷史研究與教育工作。陳垣後來與輔仁大學的關係，肇始於他同英斂之與馬相伯的交往。
英斂之《萬松野人言善錄》於1917年出版，當時立志撰寫「中國基督教史」的陳垣，透過該書得知英斂之在這方面有豐富藏書，便寫信請求借閱，英得信後慨然應許。此後，陳垣即常至香山輔仁社與英斂之探討文史，並結識馬相伯。他不負兩位前輩厚望，撰寫出《元也里可溫教考》、《基督教入華史略》等多部名著。這段因緣，可謂符合輔仁大學校名「以文會友，以友輔仁」之義。
1926年初英斂之臨終前，將續辦大學的重責託付陳垣。英斂之除信任並肯定其才外，有兩點考慮：一是陳垣曾任北洋政府教育部次長，人脈有助於輔仁大學的成立。二是英斂之理想中的新大學，是一所有學術風氣、而不是只傳教的大學，若託付教友，恐難實現不分黨派、出身和宗教信仰的辦學理念。1926年初，陳垣受聘為北京公教大學附屬輔仁社社長。同年9月，奧圖爾出任北京公教大學校長、陳垣應聘為副校長。
1929年，國民政府不承認北洋時期立案的大學，並下令輔仁降格為學院。輔仁大學因應危機而立即調整改組董事會，推選張繼先生為董事長，迅速增設院系，並任命陳垣為校長、奧圖爾為校務長。輔仁之重組與擴大辦學，不僅順利消除了被降格為學院的風險，其後更發展到大學、高中、初中兼具的規模，成為北平四大名校之一。
1937年盧溝橋事變，日軍隨即進逼華北，各公私立大學紛紛後撤。唯獨輔仁大學因教廷和聖言會的德國背景，成為淪陷區內孑然屹立的一所大學。1941年底，太平洋戰爭爆發，日軍對淪陷區的控制愈趨嚴密，輔仁也漸感壓迫益重。陳垣及校內領導人士，在抗阻日方干擾和經費拮据的困難下，除了堅守「行政獨立、學術自由、不懸偽旗」的三項原則，還能擴展校務。如1937年增設文科研究所（史學部）和理科研究所（物理學部）、購得舊恭王府做為女生宿舍等，使輔仁大學在抗戰時期仍能保持穩定的運作，實屬不易。
1949年後，輔仁大學先是被中共政府收回自辦，後又被併入北京師範大學（仍由陳垣擔任校長），教會則被迫撤離。抗戰時期在淪陷區扮演中流砥柱的北平輔仁，於新時代的動盪裡宣告結束。陳垣在這個曲折過程中，其政治立場固有轉變，但不論如何，從輔仁社開始到併入北師大為止，陳垣與北平輔仁的深厚淵源，殆無疑義。
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