本校校歌創作於1962年初，歌詞由于斌校長親自撰寫，並邀請當代名作曲家黃友棣教授（1912-2010）譜曲。1962年5月14日，黃教授自羅馬致函于校長，信中指出：「輔仁大學校歌，詞句端莊，雄厚之力，蘊藏於內，故曲譜之製作，側重涵蓄，蓋涵蓄乃能久遠，中華民族最優秀之精神，乃寄於此。」
輔仁校歌共8句64字，以四言詩形式貫穿，二句一義，陳述本校歷史傳承、辦學理念及教育目標。文句及曲調蘊含天主教大學理性和信仰交融的堅實基礎。其逐句闡釋如下：
第一句：輔仁以友，會友以文
取自《論語．顏淵第十二》的「以文會友，以友輔仁」。其意為君子以詩書禮樂結交志同道合的朋友，互相切磋共同發揮仁道的精神。這就是輔仁的精神，也是來自大陸時期輔仁的優良傳統。
第二句：吾校之魂，聖美善真
為本校在臺復校後的校訓，也是臺北輔仁秉持的辦學理念。
第三句：三知是求，明德日新
以「知人、知物、知天」作為本校教育的方法與步驟，更以大學之道，在明明德；商湯《盤銘》茍日新、日日新，勖勉師生。
第四句：蔚起多士，文質彬彬
表達輔仁十年樹木，百年樹人願景。
第五句：福音勤播，天下歸仁
以基督信仰的「愛」與中國傳統「仁道」思想緊密結合，作為天主教大學以理性與信仰合作，追求完美的展現。
第六句：世進大同，神旨永遵
輔仁將秉持「天主教教育宣言」與「天主教大學憲章」的辦學理念，使世界得以逐步進入大同之境。
第七句：祝我輔仁，其壽千春
第八句：祝我輔仁，其壽千春
希冀天佑輔仁，永續發展，萬古長新。
2003年初，高齡92歲的黃友棣教授將校歌譜本四種：一、混聲四部合唱譜（附鋼琴伴奏）；二、齊唱譜（附鋼琴伴奏）；三、混聲四部合唱簡譜本；四、齊唱簡譜本；一一詳加修訂，以勘正40年來因數度謄譜，但未精校的疏失。同年4月28日，本校音樂系於國家音樂廳舉行「美哉聖樂」音樂會；蘇凡凌（1955-）教授依據上述混聲四部合唱譜，改編管弦樂曲及合唱曲，並由300人的合唱團聯合演出。現場錄影錄音，為爾後校內廣播之用。
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