輔仁大學與臺灣的淵源早於1961年的復校。1948年，在內戰威脅下，輔大便曾評估全部或部分遷校臺灣的可能性，並已在臺北市購置房產一棟充作在臺辦事處。但因牽涉廣泛，校內師生與教廷都有意見，在大局激變的情況下，1949年1月，聖言會羅馬總會電令停止在臺灣的活動，遷校計畫遂告終止。
一、校友會在臺成立與推動復校工作
雖然北平輔仁大學在1952年被併入北京師範大學，校名也已撤銷，但是，赴臺的輔大校友不願母校就此湮滅，積極尋求復校的可能。這項工作最初因為並無組織，也沒有適當、穩定的管道能與教廷高層聯繫，因此缺少成效。
1956.7.15.輔仁大學校友會在臺北市成立
1956年7月，輔仁大學校友會在臺成立，以復校為中心工作。當時的教育部長張其昀（1901-1985）應邀在成立大會上致詞，明確表達了政府對輔仁復校的支持態度；校友會的運作為推動輔大重建奠立重要基礎。
校友會甫成立，適逢聖言會副總會長及北平輔仁的前教務長胡魯士神父（Henry Kroes, SVD, 1903-1989）來臺視察教務。在校友會主辦的歡迎會上，校友向胡神父提出復校請求，他同意將此意見帶回給總會長，開啟了校友會與教廷聯繫的重要管道。經由胡神父的協助，校友會於12月中旬向教宗呈遞請願書，希望在臺灣重建輔仁大學。校友會又拜訪了教廷駐華代表、聯絡前北平輔仁的師長──如最後一任校務長芮歌尼神父、前秘書長同時也是北平輔大創辦人英斂之的公子英千里教授（時任臺灣大學英文系主任），希望爭取他們對復校的支持。
輔仁復校雖有校友會熱心推動，但前景並不明朗，主要原因有二：一是聖言會不久前剛在日本與菲律賓各創建一所大學，資源相對緊縮，並無把握再承擔輔仁復校的任務。二是聖言會與教廷傳信部對中國大陸的局勢仍抱有期待，並未放棄重返北京、恢復原校的希望，因此對輔仁在臺復校持觀望態度。
1958年3月，復校問題隨著教會的人事異動而有了新契機；曾在中國河南傳教的舒德神父（John Schuette, SVD, 1913-1972）獲選為聖言會新任總會長，他對輔大的同情為復校帶來希望。
1958.11.26.聖言會新任總會長舒德神父訪臺
新會長就任後，校友會即致函籲請他支持輔仁在臺復校，並強調中華民國政府願意捐地提供大學使用。同年11月，舒德神父應邀來臺考察會務並參觀了幾處各界提供的可能校地位址。舒德雖對輔大復校抱持同情，但也必須慎重考慮聖言會的資源有限。12月初他寫信給教廷駐華公使黎培理（Antonio Riberi, 1897-1967），說明訪臺心得並一針見血地提出了有關復校的兩個關鍵問題：第一、資金：舒德粗估重建輔仁的費用，包括初建時購地與建築所需經費，以及日後每年維持學校運作的開支。他希望在聖言會內部對此事做最後決定前，了解傳信部對復校計劃的立場，並對能夠資助的經費數額做出承諾。第二、授權：舒德建議傳信部公開表示支持輔仁復校的態度，並對聖言會做出建議，這對聖言會內部形成共識會有很大幫助。舒德認為，教廷有三個理由支持輔大復校：一是在臺灣的天主教社群人數增多；二是基督教已經已在臺創辦東海大學；三、中華民國政府對輔仁在臺復校的歡迎及友善態度。
二、羅馬教廷的支持與于斌總主教的擘劃
輔大在臺復校計畫牽涉到教廷的東亞政策以及對傳教事業的整體看法。1958年10月，教宗若望二十三世（Saint John XXIII, 1881-1963）就任，教廷對臺灣的態度更為友善。教宗先是於當年12月批評中共扶持的愛國教會，又於次年1月發動全羅馬教友為中國被迫害的教會祈禱，並親自參加禮儀。1959年2月，傳信部部長雅靜安樞機主教（Grégoire Pierre Agagianian, 1895-1971）赴臺訪視，也討論到輔仁復校問題。這些發展表明了教廷對自由中國天主教事業的重視與支持；對輔大復校具有積極的意義。 復校牽涉的行政工作千頭萬緒，各方事務的規劃需要一位有能力的協調者，他還必須同時具備與教會單位、中華民國教育部保持良好溝通能力的條件；不二人選的于斌總主教承擔起這項重任，成為輔仁復校的總籌畫者。
于斌早年自羅馬回國，即任教於北平輔仁哲學系，稍後又擔任學校董事。1949年之後，他曾於1954與1959年兩度訪臺，受輔仁校友之託向羅馬轉達復校的殷切願望。
1959.11.03.雅靜安樞機主教偕同于斌總主教晉謁教宗若望二十三世
1959年6月，于斌赴羅馬拜訪傳信部部長雅靜安樞機主教並晉見教宗，復校問題得到非常正面的回應。于斌應雅靜安部長要求，草擬了一份復校計畫書，將輔大願景定位為一個有十個學院的現代大學。考慮到復校需要的師資、經費，不是單一教會團體所能勝任，他建議由在中國傳教的各大修會通力合作，各自負責設立一個或幾個學院，以解決人力物力不足的問題。于斌的建議得到雅靜安樞機的支持。
1959年6月12日，雅靜安樞機寫信給于斌說：「傳信部渴望能在臺灣建立一座天主教大學。而實踐這理念的第一步是仔細評估檢視財務狀況與人事問題，傳信部深信你優越的能力足可勝任」；同時指示于斌負責聯絡各教會團體，並前往美國籌募開辦經費。
經費是復校成敗的關鍵。二戰後歐洲社會尚處於復興階段，美國的資源被寄予厚望。于斌前往美國時以美金100萬元為初期目標，但實際發展並不順利。由於1933年本篤會經營北平輔仁時曾留下龐大債務，負擔了這些債務的教區對新的勸募無力再響應，只有波士頓教區谷欣樞機主教（Richard Cushing, 1895-1970）給予10萬美金的支持。不過，募款工作仍持續進行。1959年11月，教宗接見于斌，不但親自允諾捐款10萬美金，並於12月發布任命于斌為輔仁大學校長。有了教宗明確而實際的支持，谷欣樞機主教稍後又做出再捐助90萬美金的承諾，再加上聖言會已同意為理學院捐款30萬美金，經費問題算是初步解決。
谷欣樞機主教
另外，找到適合的教會團體來負責校務是解決人事問題的首要任務。于斌先後接觸了七個教會團體，商請參與復校工作。但多數教會團體皆以人力、財力不足，或因在大陸損失慘重，或因臺灣局勢未定等理由婉拒。只有原來主辦北平輔仁的聖言會應允參加，但表示無力單獨負責。而教廷則對耶穌會參與復校抱持期待。1949年以前，天主教在中國除輔仁外，另有耶穌會在天津、上海經營的津沽與震旦大學，所以耶穌會如參加輔仁復校工作，在某種意義上也代表另兩所大學的復興。於是，在耶穌會羅馬總會的支持下，臺灣的耶穌會士也同意共襄盛舉。
1960年6月22日，聖言會與耶穌會代表在羅馬集會，討論開辦輔仁的問題，達成九項重要共識，主要包括四個方面：一、校地，兩方同意在高雄同一校區開辦大學。二、工作分配，耶穌會負責商學院與工學院，聖言會負責外語學院、理學院，聖神婢女會籌辦家政系並管理女生宿舍。三、公共建築由兩個教會團體共同建設並持有，校內各種收費與薪資採相同標準。四、教廷補助：傳信部每年提供兩教會團體各5萬美金的補助。除了聖言會與耶穌會以外，方濟會原有意參加設立外語學院的工作，但後來沒有實現；於是由中國教區神職、聖言會與耶穌會三方面合作，為復校奠下初步基礎。
三、成立董事會與首次招生
人事與經費問題基本確定後，1960年4月，臺北輔仁大學董事會正式成立，由15人組成，主要成員是國籍主教與參與復校的兩教會團體代表。當時，田耕莘樞機剛被發表為臺北教區署理主教，並於3月抵臺履新，被推選為復校第一任董事長，于斌為副董事長兼校長。第一次董事會制定規章，通過了耶穌會與聖言會「分地設校」的原則；反映了兩教會團體希望保持其獨立性的意願。4月25日，教育部核准董事會立案，並指定于斌為復校籌備人。7月，第二次董事會決議，由中國教區神職負責在臺北設文學院；耶穌會負責法學院、工學院；聖言會負責理學院及外語各系，兩教會團體所辦學院共同設立於高雄大貝湖（今澄清湖）附近。在收到教育部的核准公文後，12月8日，輔仁大學復校籌備處成立，由牛若望（1896-1976）、龔士榮（1912-2002）兩位神父出任正、副主任。 1961年1月31日，籌備處買下臺北市吉林路兩棟三層半樓房作為辦公處所，當時校地問題尚未解決，分地設校的狀況也不確定，但仍希望學校儘早開辦。在與教育部商量後，4月申請先開辦文學院哲學研究所，7月獲准招生。9月14日研究所考試，錄取研究生8人，9月20日在吉林路辦事處舉行開學典禮；這批新生的入學，開啟了臺北輔仁的歷史新頁。
1961.9.20.輔大文學院哲學研究所於吉林路成立暨開學典禮
四、新莊校地的選定
雖然哲學研究所已開學，但在關鍵的校地問題解決前，輔大的未來仍是茫無頭緒。由於教育部及國外捐款者都對輔大復校時間訂有最後期限，解決校地問題具有非常緊迫的時間壓力，否則將面臨撤銷許可或停止捐款的危險。
輔大校地的選定，從原先構想到最後的實現，歷經許多波折。在一傳出輔大積極籌備復校的消息後，各方即預期可能會有大筆的資金投入與眾多師生帶來的商機，於是紛紛爭取設校；一時之間，全臺竟有20個城鎮主動提供土地。于斌總主教與聖言會的蔣百鍊神父（Richard Arens, SVD, 1912-1990）以及耶穌會的費濟時蒙席（Eugene Fahy, SJ, 1911-1996）花了很長時間，風塵僕僕的奔波於許多不同縣市，勘查可能的地點，但最後竟難有結果。尋地問題的主要困難在於臺灣地權分散，整合一塊大面積校地，常常要面對50名以上的地主與佃農，處理許多複雜的公私產權問題。同時，教會神長的外國人身分與于斌總主教在臺灣社會的高知名度，都使各方地掮客活動頻仍，增添許多無法預期的周折。
1959年，在評估過多塊土地以後，聖言會與耶穌會選定高雄縣政府提供的一塊50餘甲的山坡地，該地盤風景優美、鄰近大貝湖，同時因為南部高教資源較為缺乏，在高雄設校也有地點的優勢。為了這塊校地，聖言會在高雄的代表做了大量的聯繫與協調工作，並展開測繪地圖等初步規劃，在近兩年的時間裡，不斷在高雄市、高雄縣、屏東縣與臺灣省政府間折衝往返，雖有于斌、兩教會團體代表甚至教育部都派員南下參與溝通瞭解，但大貝湖校地仍因公私產權糾葛、補償金責任未明等複雜因素無法解決而難以實現。尋地的困難，加上考量到未來聘用師資也可能有交通上的不便，兩教會團體決定將設校地點改回北部。
高雄大貝湖校地預定圖
1961年11月17日，兩教會團體代表，費濟時蒙席、蔣百鍊神父在羅馬簽定協議，雙方同意在臺灣北部同一校區復校，並在傳信部的資助下盡力購買校園所需用地。兩教會團體負責各自的經費管理，並依照教育部規定，繳交財務報告至董事會。兩教會團體除成立各自負責的學院學系，也歡迎負責文學院的中國教區神職加入，在同一地點興建文學院。而三單位應平均支付校園土地與建築費用，並分攤共同大樓的經常花費。這項備忘錄於1962年3月9日獲傳信部核准，並同意資助一半（不超過15萬美金）的購地費用，以表示傳信部對三單位在同一校區復校的支持。由於中國教區神職原先就計畫在北部復校，並已在臺北設立哲學研究所，因此三個教會團體共同約定在臺北復校。 迫於時間壓力，三單位在1962年卯足全力尋找適當校地，不過，在北部尋地也同樣困難重重。臺北市內、士林、淡水、新店、中和、永和，甚至遠到新竹的不同地點，都曾讓神長們奔波於途、寄予希望，但最後因為各種因素都沒成功。考其原因，有的是地點本身條件不佳，更多則是掮客與地主哄抬價格，為此輔大又耗費了一年的時間。
在幾個可能方案進行的同時，聖言會杜誼華神父（Bernhard Doyle, SVD, 1930-1965）經人引介，在臺北縣新莊鎮營盤里找到一塊約35甲（34.34公頃）的土地，雖然這個地點原本不算是最優先的選項，但在其他土地紛紛出局的情況下，新莊展現了它的優勢。新莊校地緊鄰省道，來往可搭乘臺北、桃園間公路局班車（約半小時一班），交通尚稱便利。同時，新莊土地產權問題較為單純，所有地主皆已同意以每坪新臺幣146元的價格出售，只要簽約並繳付20%訂金，土地可以立即運用。終於，在歷經兩年多艱辛尋地與曲折交涉後，新莊成了最佳地點。1963年2月14日凌晨，買賣雙方在臺北市吉林路輔仁大學籌備處完成簽約手續；而直到簽約前一天，神長們都還在勘查其他可能地點。新莊校地讓輔大有了確定的立足之處，在這筆最重要的交易中，土地與代書等費用共花費33萬8,668美元（約新臺幣1,500餘萬），其中傳信部資助15萬美元，其餘不足之數則由參與復校各教會團體按使用面積平均分攤。
新莊校地原景
除了校園主體土地外，同年10月，聖言會又決定以本身經費收購輔仁大學旁5公頃土地，供給自己教會團體使用。這項購地計畫在1966年完成，但此後因土地變更登記與產權糾紛等問題，還要經過好多年艱苦的司法程序，才確定了土地的產權。後來聖言會將這塊地贈與輔仁大學，最終成為今天的運動場。
五、復校初期的建設與發展
校地問題一解決，建設隨即展開。兩教會團體同意，為了維持校園風格的一致性；原先約定由聖言會負責的整體規劃工作亦早已進行。1963年3月1日，三單位商量確定邀請德籍聖言會的林慎白（Friedrich Linzenbach, 1904-1981）神父擔任校舍的總建築師。林神父將校地劃分成三個主要區域；但是，如何分配各單位在校內的位置呢？聖言會的杜誼華神父做了A.B.C.三個籤放在田耕莘樞機的小紅帽中2， 三單位代表當場抽籤決定。他們各分配到約8.4公頃的面積，聖神婢女會另分配到4.2公頃，其餘共用設施約4公頃。
1963.3.2.三單位校地劃分圖
校舍建築首先進行基礎工程，為了爭取在9月開學前完工，從3月起，土質探勘、整地、排水、道路設計、水電規劃與蓋圍牆等工作，便緊鑼密鼓的展開。輔大校地原是一片稻田，因此土壤鬆軟，必須有周詳的排水設施規劃。為避免將來校園內處處電桿影響景觀，除商請臺灣電力公司將經過校園的高壓電塔外移，並在校園設計時就已將電線電纜都埋入地下。接著，校舍興建亦陸續展開。在教廷與德國政府基金的資助下，首先動工的是文學院、外語學院、法學院、家政系與理學院男生宿舍等五幢大樓。稍後法學院教學大樓與學生宿舍亦在教廷與國外的資助下動工。林慎白神父依照學院性質設計各具特色的大樓，為預防低窪地形可能造成的水患，每幢建築都抬高地面3英尺，預留防汛空間。3教學與辦公樓都充分考量採光與空氣流通等要素；學生宿舍則有別於一般大學8人一間的規畫，以四人為一單元，內部的家俱佈置以提供住宿者最大活動空間為目標。為求建築實用美觀，神長們在世界各地出差時，都會留意適合輔大應用的各種裝備。
施工照（一）
施工照（二）
宜真學苑
在校園建設進行的階段，復校的行政作業也同步展開。1963年6月15日，教育部核准輔大增設理、法兩學院，18日頒發輔仁大學校印。當月底，臺北輔仁第一屆哲學研究所畢業生假臺北市靜修女中禮堂舉行畢業典禮。8月14日，教育部核准輔仁參加大專院校聯合招生委員會，輔仁共10個系組參加當年度大學聯招，其中文學院有中國文學、歷史、哲學、外國語文（分英文、德文2組）四學系，理學院為數學、家政營養兩學系，法學院則有法律、經濟、工商管理三學系。在聯考放榜後，聯招會分發輔大新生共518名，實際報到464名，在當時30餘所大專院校中，輔大得到排名第七的佳績。 就在校內加緊趕工準備開學的忙碌時刻，強烈颱風葛樂禮來襲，在北部造成嚴重災情，雖然輔大校園也多有積水，幸而教學與行政樓在設計時即預做墊高，得以將水患損失減至最小。因教室尚未全部完工，第一屆新生延至10月21日始在剛落成的新校舍正式上課。
從購地、建設到新生入學這一連串緊湊的時序來看，1963年可算是復校最關鍵的一年，在神長們努力不懈的擘畫下，短短半年多，輔大從一個連校地都沒有的空殼籌辦處，竟得以在新莊的土地上建設起一座美觀又實用的現代化校園，迎來復校後的第一批大學新生。復校第一屆新生入學後在僅有但全新的幾幢教學樓中上課，而校園其他建築仍持續施工，晴日塵土飛揚，下雨則一片泥濘；環境多少有些克難。
1964年3月1日，理學院學生宿舍落成，西德駐港公使剪綵，教廷駐華公使高理耀（Giuseppe Caprio, 1914-2005）祝聖，教育部長黃季陸啟鑰。利用這個時機，補行第一屆新生開學典禮。同年，學校大門口有「天主教輔仁大學」中英文校名的立碑建成，三面高聳直立略凹狀的白色水泥柱，代表三個教會團體共同負責復校以及分工合作致力辦學的精神。接下來的幾年中，又有學生宿舍、餐廳、圖書館與行政大樓等陸續建成，提供師生更好的學習與生活空間。神長們費心打造的校園，在教育部對全臺各大學硬體建設的評比中得到優異成績；在當年環境尚屬艱苦時，也受到社會矚目與肯定。
1973年的輔仁大學校門口全景
現在的輔仁大學校門口
與此同時，校園內的郵局於1964年6月設立，為師生提供郵務與儲匯等服務。而輔大的對外交通條件，也有了顯著的提升。 1966年5月，臺北新莊線公車將終點站延伸至輔大校園內並增加班次，從早上6點到晚上11點，每10分鐘一班；再配合原本就有的省道（今中正路）公路局客運班車，交通問題得以改善。
1973年輔大學生在校園內候車情形
輔大自在臺復校招生以來，因為校園設備新穎又有獎學金的鼓勵機制，在聯考中的排名一直不低，校內系所也逐步擴充。1964年大學部第二屆錄取新生增至645名，理學院增設物理、化學、生物學系，文學院外文系增設法文及西班牙文2組。同時為方便外籍人士學習中國語言文化，復成立國語中心，此後校內師生人數隨著系所的擴張而不斷發展。
1967年，有悠久歷史的耶穌會神學院由菲律賓碧瑤遷至輔大，使輔仁做為天主教大學的體制更為完整。但受限於當時教育法規對宗教學科的限制，不得在大學設立神學院，因此耶穌會在校區外圍購地設院，並定名為輔仁神學院。而為配合臺灣經濟發展，推廣高等教育，1969年成立夜間部，設中國文學系、英國文學系、企業管理學系共3系，不過，于斌校長新設夜間部牽涉的管理權問題，因為與原先三教會團體共治的原則似有衝突，在校內也引起了一些波瀾。
受到于斌校長的開明作風與輔仁特有的國際氣氛影響，輔大校風活潑自由。相較於當時多數大專院校學生仍穿著軍訓制服到校上課的情況，輔大並未強迫學生穿制服；對當時教育體制不允許學生留長髮的規定，輔大也持較鬆的標準。輔仁雖為天主教大學，對宗教信仰卻十分寬容，不做任何限制，就如于斌校長所說的，輔仁是為「一般好學的青年學生辦的」。正是在這種宗教信仰自由的氣氛中，一些青年學子因為在學習與生活上接觸神父、修女而想要認識天主教，甚至進一步領洗成為教徒。1964年12月8日，一位家政系同學在校慶當天由于斌付洗，成為第一位在輔大受洗的學生，此後還不斷有輔大師生在這樣的氣氛中自由領洗。
在對外交流方面，1967年11月，日本京都產業大學校長率領師生來校簽訂合作協議書，是輔仁早期與境外大學的交流，此後，隨著輔仁國際化程度不斷增強，與世界各國大學的聯繫也愈來愈密切。
1967年4月，夏威夷大學東西文化中心與輔大洽商是否能接待來自美國各地大學的大三學生，來臺以10週時間學習中華文化。稍後有11名美國學生於6月扺臺，受到校內師生熱烈歡迎，並住宿於輔大學生宿舍，成為來校交換學習的第一批外籍學生。
在復校初期的新建築中，中美堂最具代表性。當時三單位財政獨立，不足以支應大型的學校建築，輔大缺少一個共同的集會場所。1965年于斌決定為此專門募款，並研究建築的設計；在主要來自美國捐款人的支持下籌集到30萬美元。
中美堂原始設計可能參考了北京天壇的圓頂與古羅馬競技場理型，並請知名的殷之浩（1914-1994）建築師負責規劃興建。中美堂為當時世界上少數無直樑建築，以70根弧形樑柱支撐圓頂，將全部重量平均分散到基座各處。因工法複雜與物價上漲，預算多次追加。
1970年，中美堂正式啟用，于斌在向到場觀禮師生致詞時說明了中美堂命名的由來。第一個意義是中美文化與中西文化交流；因為教育是文化事業，應互相比較、激發，使中華文化現代化，表現其創造力。第二個意義是表達對蔣中正總統與本校董事長蔣宋美齡（1897-2003）女士的支持與感謝。
1970.6.30.董事長蔣夫人蒞校主持中美堂落成剪綵校長于樞機因腿不能行走而坐輪椅歡迎
建成後的中美堂很快成為輔仁的重要地標，它除了是舉辦全校性大型活動的場所，也供學生體育課使用。
1970年之中美堂
現在的中美堂
六、既合作又分治的獨特體制
于斌校長因為顧慮單一教會團體的財力可能無法支持輔大的開銷，在最初向傳信部提出的復校計劃中，就規劃由多個教會團體合作興辦臺北輔仁，最後由中國教區神職、聖言會、耶穌會各三單位共同參與。由於各單位是以自己的經費來協助復校，傳信部承諾參與復校的兩教會團體，在她們各自負責的學院中擁有行政、財務獨立的自主權利，于斌也接受了這項原則。這種經營方式形成了一種「既合作又分治」的體制，在天主教於全球興辦的社會、教育事業中，都是少見的例子。
1963年2月購妥校地後，于斌邀請英千里先生為副校長、4龔士榮神父為主任祕書，學校各行政部門主管逐步確立。學校組織反映了三單位合作分治的特色；校本部雖有校長與教務、訓導、總務三長，但他們主要是輔大對外的代表，其行政權往往不及於三單位。三單位委派自己的院務長（Regent）執掌院務，費濟時神父為法學院院務長，蔣百鍊神父為理學院院務長，文學院則直接隸屬於校長，由于斌擔任院長與院務長。三單位在各自主辦的學院裡復設立教務、訓導、總務主任，負責分別管理學院內的學術、學生活動與財務，學校共同的行政事務與開支，則由三位院務長組成的委員會協調與支應。
輔大這種特殊的體制在運作上多少會造成困難，但在于斌的領導與兩教會團體同心合作下，各種問題多能很好的解決。例如復校初期女生住宿皆使用中國教區神職單位所興建的宿舍，其收入就必須做跨單位的分配；最終決定女生宿舍費交給文學院，文學院男生改住聖言會理學院的男生宿舍，中國教區神職人員的住房問題則由聖言會與耶穌會共同負責處理。
而輔大的特殊體制也受到外界一些質疑，尤其是教育部持續關注，並曾發函糾正。1965年夏天，經濟系一位退學學生家長向教育部投訴，批評輔大的體制，引起一些風波，但以當時教育部對于斌校長與輔大的信任，相關問題並未深究。但另一方面，這種合作分治的模式，也多少在學校管理上造成困擾。一件突發事故，加劇了兩教會團體擔心輔大管理方式逐漸轉向集權的疑慮。
1969年11月3日，一位輔大附設國語中心的美籍學生史恩德，在外語學院教室寫下「蔣匪」字眼。這一舉動被發現後，立刻有人向教官報告，並引起國安單位的注意；史恩德稍後經治安機關審訊但隨即釋回。由於事件發生在聖言會主辦的外語學院，故其院務長蔣百鍊神父是校內處理本案的主要負責人，他考慮到的是保護學生與維護校譽，並未料到政府對此類事件的重視，因此未予史恩德責罰，僅令其不准繼續住在校內宿舍。對這樣的處置方式，國安單位又接獲檢舉，指輔大在三單位各行其是的情況下，外籍院務長袒護外籍學生，校長卻無權處理。迫於國安單位的壓力，教育部來函嚴詞糾責了輔大「三頭馬車」的狀況違反法令，要求限期改正，如有困難，應「報請本部經由外交途徑轉知教廷」；其嚴重可見一斑。 教育部的立場促使輔大必須慎重考慮組織改造的問題，在當時的情況下，聖言會與耶穌會顯然有所疑慮，都認為于校長可能利用這個機會，削弱各教會團體的獨立性，進而全面掌握校務。
1970年6月，傳信部在兩教會團體的建議下，要求于斌辭去校長職務轉任校監，同時重新改組董事會。于斌雖同意請辭，但此事引起中華民國政府的反彈，幾乎釀成外交事件；於是在教育部的介入與社會輿論的影響下，董事會又慰留于校長續任，傳信部也同意辭職之事可以延後。8月，董事會應教育部要求，通過「輔仁大學重組計劃」，院務長職位以及各單位內部的教務、訓導和總務辦公室皆廢除。這個計劃將校本部的教、訓、總三長改為分散到三單位，如教務長辦公室設在聖言會，總務長辦公室設在耶穌會，而原先的院務長則改稱為「單位代表」，他們在新成立的參議會中與校長共同討論和決定主要校務。這樣，三單位仍舊可以通過間接的方式，繼續實質參與學校決策。
于斌校長雖未去職，但教廷仍希望在符合法令的基礎上改組董事會，以保障兩教會團體參與決策的權益。
1971年10月教廷提議：輔仁大學既隸屬於天主教中國地區主教團的管轄範圍，所以應由一位中國主教團的成員擔任輔仁大學總校監，以維持天主教大學的特色。而學校董事會共15人，分別是：6位中國主教團成員；加上三單位各3位代表計9位。董事會得由5位董事組成常務委員會，包括一位主席、三單位各一位代表和校長。校長應該由董事會委任，一般是由三單位所主辦的學院裡挑選的教授擔任。這項建議在1972年6月的董事會通過，為既合作又分治的原則與實況，在組織形式上做出了詮釋與界定。
七、于斌校長卸任與辭世
1978年7月，主持校務19年的于校長向董事會提出辭呈，教廷隨即委任他為輔大總督導（Grand Chancellor）。在離開了自己一手創辦的大學後，于斌原本有意休養一段時間，但隨即傳來教宗保祿六世（Paul VI, 1897-1978）逝世的消息，於是在校長交接典禮後幾天內，他又立即奔赴羅馬參加教宗的葬禮。長途奔波的辛勞與宿疾影響，8月16日，于斌在羅馬心臟病發，當即去世。18日，教廷在梵蒂崗聖伯多祿大殿為于斌舉行殯葬彌撒，其靈柩隨即空運返臺，25日於國父紀念館舉行彌撒，28日，安厝於輔大校園。
于斌校長任內，輔大有相當的進步，奠定了日後發展的堅實基礎。于校長交棒的1978年，輔大已經從復校當初根本不知校地何在的茫然，成長為一所欣欣向榮的現代化大學。自最早的8位研究生，增加到12,000名學生的規模；由單一研究所，發展為具有32個系組的全科大學。同時有17,000多位畢業生散居海內外，為國家提供大量優秀人才。輔大辦學能夠有此成績，是三主辦單位的神長修女和全體師生共同努力的結果；而于斌校長的付出，誠可謂功不可沒。
于斌樞機靈柩由輔大正門進入校園
于斌樞機安靈禮現場
于斌樞機靈柩安厝於輔大校園
2詳參本書〈紀傳篇〉之5.田耕莘；161-162。
3詳參本書〈記傳篇〉之5.田耕莘；頁161-162。
4英千里是輔仁大學創校先賢英斂之的獨子，1949年與胡適、傅斯年（1896-1950）、錢思亮等人，被國民政府接來臺灣。這位虔誠的天主教徒，同時替中國留下文人風骨與氣節典範的知識份子，從此隻身在臺，與妻兒永訣。或許是天主賦予英氏家族的任務，英千里與他的父親在20世紀初為成立輔仁大學所付出的畢生心血一般，英千里為了輔仁大學在臺灣的復校，挹注了極大的心力，奔走號召、竭力擘劃。
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