一、大陸時期（北平輔仁）
本校校名首見於1924 年6 月27 日教廷發佈的敕令，確定要設於北京的「公教大學」（Catholic University）為中國第一所教廷大學，並委派全美本篤會賓州聖文森總會院司泰來院長負責建校。
司泰來受命後於1925 年1 月15 日任命奧圖爾博士為「北京公教大學」（圖一）校長。同年7 月，以英斂之早先創立的「輔仁社」作為大學預科，正式定名為「北京公教大學附屬輔仁社」。
1927 年6 月召開首屆董事會，會議決定將北京公教大學改名為「私立北京輔仁大學」（圖二）。
1928年6月，南京國民政府令北京改稱北平特別市；私立北京輔仁大學亦隨之改稱「私立北平輔仁大學」（圖三），不久又改名為「私立輔仁大學」（圖四）。1949年9月中國人民政治協商會議決定北平再更名為北京，10月1日中華人民共和國成立，校名又改為「私立北京輔仁大學」。1952年9月輔仁大學與北京師範大學合併，校名取消。
(圖一)北京公教大學圖章
(圖二)私立北京輔仁大學校章
(圖三)私立北平輔仁大學校董會章
(圖四)私立輔仁大學鈐記
二、臺灣時期（臺北輔仁）
在教宗若望二十三世（Saint John XXIII, 1881-1963）支持和于斌總主教的擘劃下，輔仁大學於1961年在臺灣復校，校名為「私立輔仁大學」（圖五）（Fu Jen Catholic University），9月招收第一屆哲學研究所碩士生。1963年在臺北縣新莊成立大學部。後來，由於基隆聖心高中暨聖心小學法人與本校法人合併，因此，2013年5月13日，本校校名依法正式改為「輔仁大學學校財團法人輔仁大學」（圖六），又稱「天主教輔仁大學」，英文名不變。
本校校名自1927年在北京召開首屆董事會決定名為「私立北京輔仁大學」以來，到1961在臺復校以迄今日，雖歷經多次變更；但不變的是，校名之中必有「輔仁大學」四個字。
(圖五)私立輔仁大學印
(圖六)輔仁大學學校財團法人輔仁大學印
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