一、大陸時期（北平輔仁）──「以文會友，以友輔仁」
輔仁大學的命名取自《論語．顏淵第十二》：「君子以文會友；以友輔仁」中的「輔仁」二字，其義為君子以詩書禮樂結交志同道合的朋友，互相切磋共同發揮仁道精神。仁是儒家中心思想，仁者愛人，仁就是愛。在基督國度裡，也以愛世人為出發點。因此「輔仁」二字能彰顯本校教育的精神，校訓「以文會友，以友輔仁」（圖十二）；即是結合中西文化核心思想之意。
(圖十二)陳垣校長手書「以文會友，以友輔仁」
二、臺灣時期（臺北輔仁）──「真、善、美、聖」
本校在臺復校後，于斌校長將校訓改為「真、善、美、聖」（圖十三），這是他參合中國傳統文化與基督信仰的思想核心「仁」與「愛」，將之融會貫通的說法。意在培植學生成為一個完人，在學問、道德、情操俱求進步的同時，透過宗教信仰達到聖化──天人合一的境界。
按照于校長的闡釋：
「真」就是追求真理，明辨是非；「善」即是實踐道德，兼善天下；
「美」則是培育美感，真善的光輝；「聖」便是最高的真善美。
真善美的追求就是所謂「天人合一」的最高理想。「天人合一」指的是認識、敬愛及侍奉天主，故此真善美聖的概念，蘊含了中國文化的最高理想「敬天愛人」，和西方天主教的精華「愛天主在萬有之上而愛人如己」。
真、善、美、聖四個範疇，涵蓋大學追求真理的共通原則（真）；中華文化對知識分子道德的培養，性情的陶冶（善）；人的存心養性，提高情操，充實人生，使人生更優美（美）；天人合一的境界是超凡入聖，超越自然的境界，指人與神的關係（聖）。其意指本校辦學宗旨，重視全人教育理念，以培育學生之完美人格為目的。
(圖十三)輔大校門口真善美聖碑
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