一、大陸時期（北平輔仁）
北平輔仁的校徽：初為黑白圓形內有「輔仁」二字（圖七）；後為黃、紫二色倒三角形，內嵌「輔仁」二字。（圖八）
(圖七)大陸時期（北平輔仁）校徽-初
(圖八)大陸時期（北平輔仁）校徽-後
二、臺灣時期（臺北輔仁）
在臺復校初期，仍沿用北平輔仁倒三角形校徽，由於本校主保聖母於露德（法國）顯靈時身穿白衣繫藍色腰帶，所以後來將校徽顏色改為藍、白兩色（圖九）。1970年，再將形式稍作調整（圖十）。
(圖九)臺灣時期（臺北輔仁）校徽-初
(圖十)臺灣時期（臺北輔仁）校徽-後
1971年，本校主任秘書龔士榮神父重新設計制訂校徽，以求其形式美觀並能彰顯意義，之後沿用至今（圖十一）。校徽從外到內，由上而下，其意涵為：最外層稻穗嘉禾的綠色圍圈代表和平；中間12顆星象徵聖母；內層是「輔仁」藍白紋章，沿用舊有校徽而稍做變化，並圍以本校英文名；徽頂的十字架，代表本校為天主教大學；其下為本校校訓「真善美聖」四字中文，徽腳是拉丁文的真（veritas）、善（bonitas）美（pulchritudo）、聖（sanctitas）與之相互輝映。
(圖十一)臺灣時期（臺北輔仁）校徽-現
校徽是學校的標誌，也是輔仁學子最常見、代表本校的符號。
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